כל פינה בארץ היא בעלת חשיבות וראויה לטיפוח, אך חשיבותם של אתרים מסוימים עולה על זאת של אחרים. הכוונה היא לאתרים שלהם מורשת היסטורית וטבעית מיוחדת, שבמקרים רבים סובלים מהזנחה רבת שנים שגורמת להידרדרות בחזותם.
המועצה לישראל יפה לקחה על עצמה להחזיר לאתרים המוזנחים את יופיים המקורי ולהפוך אותם למופת של טיפוח סביבתי. לשם כך היא משתפת פעולה עם חברות ממשלתיות ועירוניות, מועצות מקומיות וגופים ציבוריים נוספים, שלכולם מטרה משותפת: שיקום וטיפוח אתרים אלו למען הגנה על ערכי היסטוריה, טבע ונוף ולמען רווחתם של תושבי הארץ.
ביבנה הקימה המועצה לישראל יפה קומפלקס של גנים המובילים לקבר רבן גמליאל, בשיתוף המועצה המקומית ותחת ניצוחו של אדריכל הנוף גדעון שריג. ביצוע הפרויקט נעשה בשלושה שלבים ונמשך שלוש שנים.
-
שלב ראשון (1987) - הקמת גן הורדים
-
שלב שני (1987) - הקמת גן בית המוסיקה
-
שלב שלישי (1989) - חידוש רחבת קבר רבן גמליאל
קומפלקס הגנים שנוצר בפרויקט זה מהווה ציר הליכה מהשדרה המרכזית בעיר ועד לקבר רבן גמליאל. לשדרה זו נוספו גן הורדים, גן בית המוסיקה, פארק עירוני ציבורי והגן שמסביב לקבר רבן גמליאל עצמו. בניית הפרויקט נעשתה תוך כדי שמירה על העצים העתיקים ועל מבני מוסדות הציבור שבמקום.
ב – 1998 בחרה המועצה לישראל יפה לשקם את מקווה האר"י בצפת, אתר בעל חשיבות היסטורית ודתית הממוקם בסמוך לבית העלמין העתיק שבעיר. מדי שנה פוקדים את המקווה מאות אלפי אנשים מכל שכבות האוכלוסייה וטובלים באגן המים, כנהוג במסורת היהודית. הפרויקט, שתוכנן על ידי האדריכל אמנון בר-אור, כלל שיקום ושיפוץ של פנים המקווה ורחבת הכניסה, שיקום מבנה הטבילה, חידוש ריצוף הקירות ובניית מלתחות וחדרי שירותים בסמוך למקווה, לשימוש המבקרים.
הגן הקסום בעכו משמש כמבואה ירוקה עבור הבאים ל"אולמות האבירים'. גן זה, שהוקם במאה ה – 16, היה חלק מגני המלך בתקופה הצלבנית ולאחר מכן, בתקופה העותומאנית, שימש את הפחה (המושל). בשנת 1999 הוציאה לפועל המועצה לישראל יפה בשיתוף עם החברה לפיתוח עכו העתיקה תוכנית שיקום ופיתוח שנועדה להפוך את הביקור בגן לחוויה תיירותית מיוחדת במינה.
תוכנית השיקום של הגן הקסום נרקמה על ידי אברהם אילן. התוכנית כללה בניית מזרקה ופרגולה מעץ רב-שכבתי, שתילת עצי פיקוס עבותים, גידור ערוגות מלאות בפרחים מרהיבים ושיבוץ הקרקע במרצפות אבן. בשנת 2002 הוכרזה מצודת עכו המתחברת לגן כאתר מורשת עולמית של אונסק"ו.

בגן הלאומי קיסריה בוצעו שני פרויקטים שהם פרי שיתוף פעולה בין המועצה לישראל יפה, החברה לפיתוח קיסריה, החברה הממשלתית לתיירות ומשרד התיירות: הקמת רחבת הכניסה למתחם התיאטרון הכוללת פרגולת העץ והקמת הגן הארכיאולוגי. הפרוייקטים, שביצועם החל בשנת 2000 והסתיים ב - 2001, מומנו מתרומות ידידי המועצה לישראל יפה בארה"ב והוקדשו לכבודם של דברה וליאון בלק, פיליס וויליאם מאק.
הגן הארכיאולוגי, שנבנה בשיתוף פעולה עם רשות העתיקות, הינו גן מטופח בו מוצגים פריטים ארכיאולוגיים שנמצאו ברחבי קיסריה העתיקה. הפריטים מסודרים על פי התקופה בה נוצרו, החל מהתקופה ההרודיאנית וכלה בתקופה בצלבנית. בנוסף, מחולקים הפריטים למוקדים שונים בגן לפי נושאים: פריטי תיאטרון קיסריה, כותרות ועמודים לפי סגנונות (יוני קורינתי ודורי) ונושאים נוספים. חלק מהפריטים אף מלווים בשלטים המתארים כיצד הוסבו במהלך היסטוריה משימוש אחד לשימוש אחר, שונה מזה המקורי.
ב - 18 ליוני שנת 2008 נחנך בגן הלאומי אשקלון השער הכנעני, לאחר שלוש שנות עבודות שימור משותפות למועצה לישראל יפה ולרשות הטבע והגנים. שיקום השער - שהינו העתיק מסוגו בעולם - הוא בשורה משמחת עבור כל חובב ארכיאולוגיה באשר הוא. פרטים נוספים ניתן למצוא ב
כתבה שנכתבה לכבוד חנוכת השער.